• 产品定义

         种质资源又称遗传资源，是指植物、动物、微生物或其他生物的含有遗传物质的材料。以植物为例，种质资源类型非常丰富，包含地方品种、野生近缘植物、育成品种、遗传材料、植物器官及DNA等。植物种质资源研究方向主要有五大类，分别是普查与收集、编目与保护、鉴定与深度挖掘、种质创新及育种效应分析及种质资源基础数据库构建。

        种质资源遗传库（Germplasm Genetic Bank）是系统收集、长期保存、科学管理和高效利用动植物、微生物遗传资源的综合性平台。提供遗传资源鉴定、基因挖掘等全链条服务。为物种改良、品种选育提供优质亲本材料和分子标记数据，加速育种进程。

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        基于基因组、转录组、SNP、蛋白代谢等多组学数据资源，完成数据整合和数据库构建。数据库集成基因组浏览器、BLAST等功能，支持研究人员快速获取基因组序列、遗传变异等信息，促进种质功能基因组学和育种应用研究。

    图1.水稻泛基因组数据库RPAN: Rice Pan-genome Browser

    多维数据检索功能

        从单点到多维度的数据检索服务，覆盖基因、序列、种质及其关联关系的查询需求。该功能不仅支持基础检索，还能与可视化工具交互展示检索结果，帮助用户快速定位目标信息。

    图2.数据库基因检索部分结果

    可视化分析工具

        基因组数据可视化、基因表达谱展示、序列比对等生物信息学分析功能。这些交互式工具使复杂的数据分析过程更直观，大大提升了研究效率。

    图3.数据库可视化功能

    种质资源信息管理

        以表格形式展示种质资源的基因组和基因信息，支持多维度筛选、数据可视化和统计分析。这一功能适用于遗传研究、育种筛选和种质资源管理工作，用户可通过交叉筛选快速定位目标种质和基因。

    图4.种质资源信息表格

    遗传变异分析

        通过基因或位置检索SNP、InDel和SV信息，并提供数据导出功能。这一功能为遗传变异分析和研究提供了强大支持。

    图5.基因对应的变异信息分布图

    表达分析功能

        整合RNA-seq及多组学测序结果，支持用户查看不同样本的表达数据。该模块还提供表达量可视化和GO/KEGG功能富集等分析工具，满足个性化分析需求。

    图6.不同样本基因表达折线图

    其他辅助工具

        提供引物设计、基因组数据下载等实用工具，进一步完善了研究支持功能，使研究工作更加便捷高效。

    1. Qin P, Lu H, Du H, et al. Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations. Cell. 2021;184(13):3542-3558.e16. doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
    2. Chen S, Feng X, Zhang Z, et al. ScDB: A comprehensive database dedicated to Saccharum, facilitating functional genomics and molecular biology studies in sugarcane. Plant Biotechnol J. 2024;22(12):3386-3388. doi:10.1111/pbi.14457
    3. Zhu X, Yang R, Liang Q, et al. Graph-based pangenome provides insights into structural variations and genetic basis of metabolic traits in potato. Mol Plant. 2025;18(4):590-602. doi:10.1016/j.molp.2025.01.017
    4. Yang Z, Wang S, Wei L, et al. BnIR: A multi-omics database with various tools for Brassica napus research and breeding. Mol Plant. 2023;16(4):775-789. doi:10.1016/j.molp.2023.03.007
    5. Fang L, Liu T, Li M, et al. MODMS: a multi-omics database for facilitating biological studies on alfalfa (Medicago sativa L.). Hortic Res. 2023;11(1):uhad245. Published 2023 Nov 27. doi:10.1093/hr/uhad245
    6. Guan J, Miao H, Zhang Z, et al. A near-complete cucumber reference genome assembly and Cucumber-DB, a multi-omics database. Mol Plant. 2024;17(8):1178-1182. doi:10.1016/j.molp.2024.06.012
    7. Han G, Yang P, Zhang Y, et al. PIGOME: An Integrated and Comprehensive Multi-omics Database for Pig Functional Genomics Studies. Genomics Proteomics Bioinformatics. Published online February 28, 2025. doi:10.1093/gpbjnl/qzaf016