注:基因组survey、Hi-C测序、二代重测序及线粒体基因组测序等均归属于二代基因组测序,其中Hi-C需先进行甲醛交联、酶切、酶连等处理后再构建测序文库。
附录 III 血液样本采集及处理方法

① 采集血液,然后加到含EDTA抗凝管中(不可使用肝素抗凝管),做好标记(样本名称,日期等)轻轻颠倒混匀十次(务必充分混匀), 室温正立放置;

 如果当天能送到公司,可以冰袋(4℃)运输需避开节假日(注意冰袋尽可能多放,样本置于中间,保证箱体温度维持在4℃)。 从血液离体算起,运输至实验人员手中不可超过2天;

 如果当天不能到达公司,将样本放入50mL离心管中,盖好盖子速冻30min后,向离心管加入缓冲材料(避免运输过程中剧烈晃动导致采血管破裂),速冻后-80℃保存或干冰邮寄。

附录 I 植物组织的样本采集及处理方法

 

① 用于做基因组项目的植物,应尽量选取幼嫩叶片、嫩芽等组织;

 采集叶片、花、小型果实等应尽量保持样本完整性,较小创伤;枝条、皮等样本可剪成小块置于冻存管;

 用洁净的剪刀剪下所需组织,并用去离子水清洁样本表面杂质,滤纸吸干,分开置于冻存管中,并做好标记;

 迅速置于液氮中冷冻5min以上,然后转移至-80°C冰箱或液氮中长期保存;

 运送方式:将样品管用封口膜封口,再放置于50mL离心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50mL管内或其他支撑物内加入液氮等危险品),使用厚度3cm以上的泡沫箱包装,10kg以上的干冰运输。

附录 II 动物组织的样本采集及处理方法

① 取下新鲜组织,立即剔除结缔组织、脂肪组织和毛发等非研究所需的组织类型;

 迅速用预冷的PBS溶液或生理盐水将组织表面的残留血液与污物冲洗干净;

 如果组织体积较大,应尽量将组织切成长宽高均<0.5cm的小块(即黄豆大小);

 将处理好的组织样本混合均匀后保存于2mL或更大体积的旋盖冻存管中,样本体积不要超过2/3管;

 迅速置于液氮中冷冻10-15min,然后转移至-80°C或液氮中长期保存;

⑥ 运送方式:将样品管用封口膜封口,再放置于50mL离心管中或封口袋中,里面添加棉花等固定(切勿在50mL管内或其他支撑物内加入液氮等危险品),使用厚度3cm以上的泡沫箱包装,10kg以上的干冰运输;组织量要求>5g。

附录 IV 微生物样本采集及处理方法

① 样本量:细菌菌体1-2g起;真菌菌体2-3g起,-80℃保存,干冰寄送。

 样本准备:对数期细菌(50mL)菌液,4000×g离心10min(4℃),弃上清,沉淀(离心后至少1g)用无菌水洗2次后干冰送样,建议送 2-3个平行,避免一次提取不成功; 真菌(100mL)菌液,4000×g离心10min(4℃),弃上清,沉淀用无菌水洗2次后干冰送样,若是新鲜真菌建议 2g 以上,建议送 2-3个平行,避免一次提取不成功。

 注意事项:甘油保存,需要重新液体培养基(例如 LB)活化到对数期,不可直接送甘油保存的菌株; 不建议送固体培养皿的菌,如是只有固体培养基才能活,可以刮到有PB缓冲液的离心管里面,离心,送沉淀2g 以上; 真菌(5g)大型菇类等,建议送菌丝,不建议送孢子或是子实体,杂合率较高,不利于组装; 样本一定为非灭活样本,灭活会导致核酸严重降解。

 

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附录 IV 微生物样本采集及处理方法

​​​​​​​① 推荐尽量将鱼按照不同的组织解剖,如肌肉、心脏、皮肤、血液、鳃、脾脏、肝脏、肠道、卵巢、鳔、肾、脑、眼等组织,然后分别保存于1.5mL离心管中;

② 肌肉之类量比较多的组织,建议尽量多收集,按照0.5g大小一管,分别保存,组织放的太满影响取样过程;

样本命名规则推荐用“物种+组织+编号”的规则,如斑马鱼(Danio rerio)的肌肉(muscle)组织,编号为:dr-mu-1,dr-mu-2,……