IF=0！万摩科技2024年项目文章成就汇总

01 基于转分化方式将成纤维细胞改造为主动脉瓣细胞

文章标题：Engineering aortic valves via transdifferentiating fibroblasts into valvular endothelial cells without using viruses or iPS cells

发表期刊：Bioactive Materials

影响因子：18.0

发表时间：2024年11月

主要研究内容：

该研究主要探讨了转分化技术将人体原代皮肤成纤维细胞转化为hiVECs细胞方面的应用，并研究了如何将这些细胞种植在人工支架上，以构建自体组织工程主动脉瓣。研究结果表明，直接转分化技术比iPSCs技术具有更低的肿瘤形成风险，更适合临床应用。这项研究成果为组织工程主动脉瓣的构建提供了新的思路和方法，有望为治疗主动脉瓣疾病提供新的解决方案。

文献链接：https://doi.org/10.1016/j.bioactmat.2024.11.018

02 基因组与转录组分析揭示月鳢耐缺氧能力的形成机制

文章标题：Genome sequencing and transcriptome analysis provide an insight into the hypoxia resistance of Channa asiatica

发表期刊：International Journal of Biological Macromolecules

影响因子：7.7

发表时间：2024年11月

主要研究内容：

该研究结合Illumina短读长测序、PacBio长读长测序以及Hi-C测序技术，组装获得了高质量的斑鳢基因组（含23条染色体，基因组大小722 Mb）。基因组中重复元件占比28.39%，预测出23,949个蛋白编码基因，其中96.63%的基因具有功能注释。对12种鱼类基因组进行比较基因组分析，斑鳢中与氧结合及运输相关的基因家族发生了扩张。另外，转录组分析表明，当斑鳢暴露在空气中时，多条氧化应激通路被激活。总之，该研究提供了高质量的基因组组装数据和转录组数据，为研究斑鳢耐缺氧能力提供了关键资源。同时，也有助于缩短育种周期，实现精准育种，快速培育出适应特定养殖环境和市场需求的优质斑鳢品种。

文献链接：https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2024.137306

03 染色体水平的单倍体基因组分析揭示太平洋秋刀鱼的迁徙模式和种群多样性

文章标题：Phased chromosome-level genome provides insights into the molecular adaptation for migratory lifestyle and population diversity for Pacific saury, Cololabis saira

发表期刊：Communications Biology

影响因子：5.2

发表时间：2024年11月

主要研究内容：

该研究通过结合PacBio HiFi和Hi-C技术，成功组装了太平洋秋刀鱼（Cololabis saira）染色体水平单倍体基因组。比较基因组分析进一步发现，秋刀鱼在长期迁徙生活中进化出了一系列分子适应机制。群体遗传学分析揭示了北太平洋地区秋刀鱼可能存在两个对应不同迁徙路线的遗传分化群体。研究拓展了基因组学方法和群体遗传学在渔业资源变动机制研究中的应用，为太平洋秋刀鱼的可持续渔业管理和保护策略提供了科学依据，为全球范围内迁徙鱼类的适应与进化研究带来了新的基因组学视角。

文献链接：https://doi.org/10.1038/s42003-024-07126-0

04 泥鳅单倍型基因组的组装及鱼类气呼吸相关基因Mex3a的鉴定

文章标题：The loach haplotype-resolved genome and the identification of Mex3a involved in fish air breathing

发表期刊：Cell Genomics

IF：11.1

发表时间：2024年10月

主要研究内容：

该研究组装获得泥鳅的单倍型基因组，并结合正选择分析和基因演化分析鉴定到一个古老的鱼类气呼吸基因Mex3a。通过构建泥鳅、斑马鱼（fli1a:EGFP）Mex3a敲除模型和Mex3a过表达、敲降、点突变的人脐静脉内皮细胞模型并结合转录组揭示了Mex3a参与血管生成的分子机制。该研究创新性地鉴定出鱼类气呼吸基因Mex3a，为培育耐低氧鱼类品种以及解决水产养殖中的缺氧问题提供可靠的分子靶点。

文章链接：https://doi.org/10.1016/j.xgen.2024.100670

05 首个白果草莓T2T单倍型基因组揭示栽培草莓果实颜色的形成机制

文章标题：A telomere-to-telomere haplotype-resolved genome of white-fruited strawberry reveals the complexity of fruit colour formation of cultivated strawberry

发表期刊：Plant Biotechnology Journal

IF：10.1

发表时间：2024年9月

主要研究内容：

该研究获得了八倍体白果栽培草莓品种“初恋”的高质量单倍型基因组。该基因组是迄今为止质量最高的草莓基因组之一，包含两个单倍型，每个单倍型包含28条染色体。研究发现，FaMYB10基因chr1-2-1编码区一个8 bp的插入和chr1-2-2上的单核苷酸突变与果实中的花青素缺失有关。光照通过激活“初恋”中FaMYB10 (chr1-4) 基因的表达来促进果实中花青素的积累，从而影响果实颜色。上述结果为栽培草莓比较基因组分析、多倍体物种亚基因组中的基因表达模式解析以及果实颜色育种奠定了重要基础，这将有助于培育出综合性状优良的草莓新品种，满足现代草莓产业对品种的多方面要求。

文章链接： https://doi.org/10.1111/pbi.14479

06 首个同源四倍体泥鳅染色体级别的单倍型基因组组装

文章标题：Chromosome-scale and haplotyperesolved genome assembly of the autotetraploid Misgurnus anguillicaudatus

发表期刊：Scientific Data

IF：5.8

发表时间：2024年9月

主要研究内容：

泥鳅作为一种重要的淡水特种经济鱼类，同时存在二倍体和四倍体。然而，其同源四倍体基因组的四个单倍型的重构问题一直尚未解决。该研究首次构建出了单倍型、染色体水平的同源四倍体泥鳅基因组，其大小为4.76 Gb，contig N5达到6.78 Mb，scaffold N50为44.11 Mb。鉴定出大约2.9 Gb（占基因组的 61.03%）的重复序列，并预测出91,485个蛋白编码基因。此外，等位基因表达水平表明，在同源四倍体泥鳅基因组内不存在显著的优势单倍型。这一基因组对揭示多倍体形成和进化机制、对环境变化的适应机制具有重要价值，也有助于在育种过程中选出具有特定优良性状相关基因型的个体，进而选育出综合性状优良的泥鳅品种。

文章链接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03891-z

07 同源四倍体鲫候选性别决定基因的挖掘及性别特异性标记的开发

文章标题：Unveiling potential sex-determining genes and sex-specific markers in autotetraploid Carassius auratus

发表期刊：Science China Life Sciences

影响因子：8.0

发表时间：2024年8月

主要研究内容：

同源四倍体鲫是由红鲫（RCC，♀）与团头鲂（BSB，♂）杂交产生的一种具有稳定遗传特性的同源四倍体鱼类，其包含四套红鲫染色体。该研究通过全基因组重测序技术，确定了同源四倍体鲫候选性别决定区域及候选性别决定基因，成功开发了一对能够有效、准确鉴定同源四倍体鲫遗传性别的性别特异性分子引物，为鱼类性别决定机制、性染色体演化及单性群体的开发研究奠定了坚实的基础。这一研究有助于调整育种亲本的选择和交配方式，加速优良性状在特定性别群体中的聚合和遗传，更快地实现育种目标。

文献链接：https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-023-2694-5

08 多组学分析解析水稻超大粒形成的分子机制

文章标题：Dissecting the molecular basis of the ultra-large grain formation in rice

发表期刊：New Phytologist

影响因子：8.3

发表时间：2024年7月

主要研究内容：

该研究鉴定出了一个千粒重超过60克的超大粒水稻材料（ULG）。通过对数量性状基因座（QTL）、分离群体分组分析法（BSA）、基因组从头组装、转录组测序以及基因编辑进行综合分析，剖析了超大粒形成的分子基础。最终证明超大粒水稻材料（ULG）包含4个已报道的有利等位基因，也发现了一个新的籽粒调节基因qULG2-b，揭示了水稻超大型粒形成的分子机制，为利用基因加性效应和基因编辑技术改良水稻品种提供了理论框架和宝贵的基因组资源。

文献链接：https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.20001

09 海洋中的“懒汉”——䲟鱼染色体水平基因组的组装和注释

文章标题：An improved chromosome-level genome assembly and annotation of Echeneis naucrates

发表期刊：Scientific Data

影响因子：9.8

发表时间：2024年5月

主要研究内容：

本研究组装获得一个䲟鱼高质量染色体水平基因组，基因组Contig N50为23.19 Mb，并利用Hi-C数据将基因组挂载到24条染色体，组装BUSCO评估达到97.5%，组装QV值达到52.01，同时在23条染色体中鉴定到端粒序列，且组装基因组综合评估超越了之前发表的䲟鱼基因组，这些都表明组装的䲟鱼基因组有着高度完整性、连续性和准确性。本研究组装的䲟鱼高质量基因组为遗传资源利用和独特的生物学特征的进一步研究提供了宝贵的基础。另外，这一成果也可为相关军事研究带来启发，如在舰艇、飞机等表面稳定吸附的装置，有望提升军事装备的隐蔽性、机动性以及特殊任务执行能力。

文献链接：https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11069562/

10 龙舌兰杂种11648号染色体水平基因组组装为景天酸代谢（CAM）光合作用研究提供了新见解

文章标题：A chromosome-level genome assembly of Agave hybrid NO.11648 provides insights into the CAM photosynthesis

发表期刊：Horticulture Research

影响因子：7.6

发表时间：2024年2月

主要研究内容：

聚花科亚科植物包括CAM、C3和C4植物，因其物种形成时间较短且突变积累缓慢，成为研究CAM进化的模式作物。该研究组装了聚花科亚科中的一种构成性CAM植物——龙舌兰杂交11648号的基因组，发现了约5Gb的基因组大小和30条伪染色体。该基因组含有超过5.8万个蛋白编码基因，并揭示了基因家族复制事件，特别是与CAM途径相关的PEPCK基因。研究还鉴定了调控PEPCK3表达的转录因子。这些发现为理解CAM进化提供了新见解，并为龙舌兰属植物的分子育种提供了重要资源，有助于培育更具环境适应性和经济价值的作物品种。

文献链接：https://academic.oup.com/hr/article/11/2/uhad269/7480137?login=false

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