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项目经验节选

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安庆六白猪高质量染色体级别基因组组装与注释

项目亮点：该研究完成了全球首个染色体级别的安庆六白猪高质量基因组

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三大Physaria属物种染色体级基因组发布，解锁羟基脂肪酸绿色生产新路径

项目亮点：本研究成功完成P. lindheimeri、P. pallida和P. fendleri 三个代表性物种的染色体水平基因组组装

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红盲高原鳅的T2T基因组组装

项目亮点：首次成功构建了红盲高原鳅的端粒到端粒（T2T）基因组图谱，填补了该物种高质量参考基因组的空白

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水曲柳T2T基因组组装与注释

项目亮点：该研究成功构建水曲柳首个端粒到端粒（T2T）基因组，预测35,009个蛋白编码基因，99.22%实现功能注释，较此前组装连续性更高

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中国黄兔近T2T基因组组装

项目亮点：该研究完成了Oryctolagus cuniculus基因组的近T2T组装，其中包括其Y染色体的首次完整组装

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籼稻IR64完整基因组组装为基因组学与育种研究提供宝贵资源

项目亮点：研究完成了首个IR64的T2T完整基因组组装

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河南省特有鱼类淇河鲫染色体水平基因组的首次解析

项目亮点：首次完成了河南省特有鱼类淇河鲫的高质量染色体基因组解析，为今后解析多倍体进化机制及遗传育种提供了宝贵资源

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水蚤寿命决定中丙酮酸脱氢酶（PDH）的关键作用

项目亮点：该研究为“代谢率降低延长寿命”的理论提供了直接的证据支持

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峨眉髭蟾研究突破：揭秘 “巨大性染色体却保持同形” 的演化奥秘

项目亮点：为两栖类性染色体演化研究提供了新的物种案例与理论方向

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雷竹的染色体水平基因组解析

项目亮点：揭示了雷竹与其他植物的进化关系以及雷竹笋用品质的遗传分子基础

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桂建芳院士团队通过操控有性-单性生殖转换创制基因组重构的高抗高产新多倍体

项目亮点：首次在动物育种中通过利用单性-有性生殖转换，成功构建具有优良性状的基因组重构多倍体

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连发7篇！沈阳农大陈温福院士团队徐铨组在水稻重要农艺性状调控分子机理研究领域取得系列研究进展

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鮡科鱼类首个T2T基因组的组装与注释

项目亮点：首次构建并发表了黄石爬鮡端粒到端粒（T2T）无间隙基因组

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柚T2T基因组的构建及柚果实果基长度遗传机制研究

项目亮点：揭示柑橘果实果基长度的遗传机制，为柑橘遗传改良和育种提供重要资源

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四倍体岩原鲤T2T基因组解析

项目亮点：首次完成了岩原鲤的高质量T2T基因组组装和注释

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黄河濒危特有鱼类大鼻吻鮈的T2T基因组构建

项目亮点：成功构建了Rhinogobio nasutus的T2T级别高质量基因组

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ISPL10的表观遗传调控增强水稻品种的区域适应性

项目亮点：揭示了水稻抽穗日期的调控机制，有助于培育出适应不同区域的水稻品种

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长麦穗鱼染色体水平基因组的组装与注释

项目亮点：成功构建了长麦穗鱼染色体水平的高质量基因组，提供了全面的基因组注释信息

经典案例

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基于转分化方式改造成纤维细胞为主动脉瓣细胞

项目亮点：研究证明直接转分化技术比iPSCs技术具有更低的肿瘤形成风险，因此更适合临床应用

单倍体染色体水平基因组为太平洋秋刀鱼迁徙生活方式和种群多样性的分子适应性提供了见解

组装物种:太平洋秋刀鱼(Cololabis saira)

项目亮点:成功组装了太平洋秋刀鱼染色体水平单

腐烂茎线虫染色体水平基因组解析

腐烂茎线虫(Dity/enchusdestructor)

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白果草莓基因组组装

组装物种:栽培草莓(Fragariaxananassa)

项目亮点：获得了八倍体白果栽培草莓品种“初恋”的高质量单倍型基因组。

水稻超大粒形成的分子基础解析

组装物种:水稻(Oryza sativaL.)

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二倍体和四倍体泥鳅单倍型基因组组装以及鱼类气呼吸相关基因Mex3a的鉴定

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海星染色体基因组组装

组装物种:多棘海盘车(Asterias amurensis)

项目亮点：在海星多棘海盘车的遗传学、动力学和进化提供了有价值的基因组资源。

鲫鱼染色体水平基因组组装

组装物种:鲫鱼(Echeneis naucrates)

项目亮点：组装的鲫鱼基因组有着高度完整性、连续性和准确性。

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同源四倍体鲫候选性别决定基因挖掘

组装物种:同源四倍体鲫(Autotetraploid
Carassius auratus)

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龙舌兰亚科基因组组装

组装物种:龙舌兰(Agave hybrid NO.11648)

项目亮点：中国热带农业科学院南亚热带作物研究所剑麻研究团队在龙舌兰亚科基因组及CAM进化机制上取得进展

双线巨篷蛞蝓基因组组装注释

组装物种:双线巨篷蛞蝓(Meghimatiumbilineatum)

项目亮点：组装陆地蛞蝓物种的基因组将有助于强化本物种适应进化的研究，也为更深入研究其生态适应性进化分子机制和潜在的药用资源遗传提供理论基础。

8倍体草莓基因组组装

组装物种：栽培草莓（Fragaria x ananassa）

项目亮点：首个组装到单倍型及T2T水平的八倍体草莓基因组

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合作文章发表

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Wang H, Yang X, Liu J, et al. Telomere-to-telomere gap-free genome assembly of Euchiloglanis kishinouyei. Sci Data. 2025;12(1):757. Published 2025 May 7. doi:10.1038/s41597-025-05068-8
Wang P, Yin D, Jiang M, et al. A chromosome-level genome assembly and annotation of the Pseudorasbora elongata (Cypriniformes: Cyprinidae). Sci Data. 2025;12(1):554. Published 2025 Apr 1. doi:10.1038/s41597-025-04890-4
Yu Z, Wang X, Wang Y, et al. Epigenetic regulation of ISPL10 enhances regional adaptability of rice varieties. Plant J. 2025;121(6):e70109. doi:10.1111/tpj.70109
Yang Y, Feng R, Hong B, et al. Chromosome-level genome assembly of the sweet potato rot nematode Ditylenchus destructor. Sci Data. 2025;12(1):174. Published 2025 Jan 29. doi:10.1038/s41597-024-04293-x
Jiang C, Du Y, Lou Z, Zhang Y, Wang T. Telomere-to-telomere reference genome of Rhinogobio nasutus, an endangered endemic fish from the Yellow River. Sci Data. 2025;12(1):462. Published 2025 Mar 20. doi:10.1038/s41597-025-04793-4
Tang P, Wei F, Qiao W, et al. Engineering aortic valves via transdifferentiating fibroblasts into valvular endothelial cells without using viruses or iPS cells. Bioact Mater. 2024;45:181-200. Published 2024 Nov 23. doi:10.1016/j.bioactmat.2024.11.018
Zhou C, Li J, Duan Y, et al. Genome sequencing and transcriptome analysis provide an insight into the hypoxia resistance of Channa asiatica. Int J Biol Macromol. 2024;282(Pt 6):137306. doi:10.1016/j.ijbiomac.2024.137306
Liu Y, Luo Y, Wang P, et al. Phased chromosome-level genome provides insights into the molecular adaptation for migratory lifestyle and population diversity for Pacific saury, Cololabis saira. Commun Biol. 2024;7(1):1513. Published 2024 Nov 15. doi:10.1038/s42003-024-07126-0
Sun B, Li Q, Xiao X, et al. The loach haplotype-resolved genome and the identification of Mex3a involved in fish air breathing. Cell Genom. 2024;4(10):100670. doi:10.1016/j.xgen.2024.100670
Zhang J, Liu S, Zhao S, Nie Y, Zhang Z. A telomere-to-telomere haplotype-resolved genome of white-fruited strawberry reveals the complexity of fruit colour formation of cultivated strawberry. Plant Biotechnol J. 2025;23(1):78-80. doi:10.1111/pbi.14479
Sun B, Li Q, Mei Y, et al. Chromosome-scale and haplotype-resolved genome assembly of the autotetraploid Misgurnus anguillicaudatus. Sci Data. 2024;11(1):1059. Published 2024 Sep 28. doi:10.1038/s41597-024-03891-z
Zhang K, Huang X, Wang C, et al. Unveiling potential sex-determining genes and sex-specific markers in autotetraploid Carassius auratus. Sci China Life Sci. 2024;67(11):2444-2458. doi:10.1007/s11427-023-2694-5
Li F, Wu L, Li X, et al. Dissecting the molecular basis of the ultra-large grain formation in rice. New Phytol. 2024;243(6):2251-2264. doi:10.1111/nph.20001
Gao T, Liu K, Liu Q, Wang D. An improved chromosome-level genome assembly and annotation of Echeneis naucrates. Sci Data. 2024;11(1):452. Published 2024 May 4. doi:10.1038/s41597-024-03309-w
Yang Z, Yang Q, Liu Q, et al. A chromosome-level genome assembly of Agave hybrid NO.11648 provides insights into the CAM photosynthesis. Hortic Res. 2023;11(2):uhad269. Published 2023 Dec 19. doi:10.1093/hr/uhad269
Liu Y, Liu T, Wang Y, et al. Genome Sequencing Provides Novel Insights into Mudflat Burrowing Adaptations in Eel Goby Taenioides sp. (Teleost: Amblyopinae). Int J Mol Sci. 2023;24(16):12892. Published 2023 Aug 17. doi:10.3390/ijms241612892
Liu B, Li J, Peng Y, et al. Chromosome-level genome assembly and population genomic analysis reveal evolution and local adaptation in common hairfin anchovy (Setipinna tenuifilis). Mol Ecol. 2024;33(10):e17067. doi:10.1111/mec.17067
Ma B, Jin W, Fu H, et al. A High-Quality Chromosome-Level Genome Assembly of a Snail Cipangopaludina cathayensis (Gastropoda: Viviparidae). Genes (Basel). 2023;14(7):1365. Published 2023 Jun 28. doi:10.3390/genes14071365
Pei Y, Deng Z, Zhang X, Blair D, Hu W, Yin M. Chromosome-scale genome assembly of the freshwater cladoceran crustacean Chydorus sphaericus: A resource for discovery of genes responsive to ecological challenges. Aquat Toxicol. 2023;260:106565. doi:10.1016/j.aquatox.2023.106565
Sun B, Huang Y, Castro LFC, et al. The chromosome-level genome and key genes associated with mud-dwelling behavior and adaptations of hypoxia and noxious environments in loach (Misgurnus anguillicaudatus). BMC Biol. 2023;21(1):18. Published 2023 Feb 1. doi:10.1186/s12915-023-01517-1